Государственные разрешительные документы, выдаваемые в установленном порядке, являются основанием возникновения подобного рода исключительных либо преимущественных прав природопользователя. В зависимости от вида природного объекта, вида пользования, целей и сроков природопользования, условий предоставления природного объекта в пользование требуется получение различных разрешительных документов. Для большинства случаев природопользования дополнительно к разрешительным документам предусматривается заключение договора на право природопользования.

В соответствии со ст. 46 Водного кодекса РФ предоставление водных объектов в пользование оформляется специальным государственным разрешением в виде лицензии на водопользование, которую выдает федеральный специально уполномоченный государственной орган управления за использованием и охраной водного фонда на основании ходатайства заинтересованного лица. Разрешительный порядок водопользования предусматривает, что в соответствии с лицензией заинтересованному лицу также необходимо заключить договор пользования водным объектом с органом исполнительной власти соответствующего субъекта РФ. Лицензия без договора не действительна.

Закон РФ «О недрах» (N 2395-1от 21.02.1992, действующая редакция от 01.01.2014)  устанавливает порядок, в соответствии с которым месторождения полезных ископаемых, иные участки недр предоставляются на праве временного, либо бессрочного пользования для установленных целей на основании лицензии. Лицензии предоставляются по результатам конкурсов или аукционов и дают право ее держателю осуществлять разрешенный вид пользования в определенных границах недр в течение определенного времени. Особый порядок предоставления недр установлен Законом «О соглашениях о разделе продукции», в соответствии с которым получению лицензии на пользование недрами предшествует заключение договора о разделе продукции заинтересованного лица с соответствующим государственным органом. Такой порядок распространяется только на те месторождения полезных ископаемых, которые законодательно определены в качестве объектов недропользования, предоставляемых на условиях раздела продукции. Принято порядка 15 федеральных законов, разрешающих предоставление в пользование некоторых наиболее ценных месторождений полезных ископаемых на условиях раздела продукции.

Лесопользование граждан и организаций для заготовки древесины, заготовки живицы, сбора второстепенных лесных материалов, побочного лесопользования, пользования участками лесного фонда для нужд охотничьего хозяйства, для культурно-оздоровительных, туристических и спортивных целей осуществляется на основании договоров аренды, безвозмездного пользования либо концессии, а также выдаваемых в соответствии с договорами лесорубочных, лесных билетов, а также ордеров. Договор удостоверяет право лесопользователя на долгосрочное пользование участком лесного фонда для определенных целей и устанавливает обязанности в области охраны и рационального использования лесов. Лесорубочный билет устанавливает право на рубку и вывоз установленного количества древесины в границах участка лесного фонда и действует один год. Лесной билет разрешает ведение побочных видов пользования — сенокошение, пастьба скота, заготовка грибов, ягод, лекарственных растений, технического сырья на закрепленном за пользователем участке лесного фонда. Ордер выдается в случаях мелкого отпуска древесины на корню.

Пользование земельным участком допускается на праве бессрочного и срочного пользования, права аренды и пожизненного наследуемого владения. Право бессрочного пользования и пожизненного наследуемого владения удостоверяется свидетельствами, выдаваемыми и регистрируемыми учреждениями юстиции — комитетами по регистрации права, регистрационными палатами. Документом, разрешающим временное пользование, либо аренду земельного участка, является соответствующий договор, заключаемый заинтересованным лицом с собственником либо постоянным пользователем земельного участка. Договор определяет сроки, условия пользования либо аренды, а также порядок внесения платежей.

Объекты животного мира предоставляются в пользование граждан и организаций для целей охоты, рыболовства, включая добычу водных беспозвоночных и морских млекопитающих, добычу объектов животного мира. не отнесенных к объектам охоты и рыболовства, использования полезных свойств жизнедеятельности объектов животного мира, изучение, исследование и иное использование животного мира в научных, культурно-просветительских, воспитательных и иных подобных целей.

Приоритет в предоставлении животного мира в пользование на конкретной территории или акватории отдается российским юридическим лицам и гражданам Российской Федерации.

Для получения права пользования юридическим лицам надлежит получить от соответствующих органов долгосрочную лицензию, позволяющую осуществление определенного вида пользования в установленном месте и в установленные сроки. Граждане реализуют право пользования животным миром на основе именных разовых лицензий. В необходимых случаях заинтересованным лицам на праве аренды либо пользования передаются необходимые земельные участки, участки лесного фонда (охотничьи угодья) либо акватории водных объектов. Пользователи животным миром обязаны соблюдать правила экологически корректного пользования: обеспечивать гуманное обращение с животными, охранять среду обитания редких и исчезающих видов.

Законом РФ «Об охране окружающей природной среды» предусматривается, что сброс и выброс загрязняющих веществ в водные объекты и в атмосферу, а также захоронение твердых отходов осуществляется на основе разрешения, выдаваемого специально уполномоченными государственными органами Российской Федерации в области охраны окружающей среды. В разрешениях устанавливаются нормативы предельно допустимых выбросов и сбросов загрязняющих веществ и другие условия, обеспечивающие охрану окружающей среды и здоровья человека. Разрешительный порядок установлен также для пользования источниками ионизирующего излучения, обращения с химическими и биологическими веществами, твердыми отходами.

Параметры и условия пользования, ограничения и иные требования, установленные в государственных разрешительных документах, являются обязательными для исполнения держателями таких документов. Их нарушение влечет применение мер юридической ответственности.

В российском экологическом праве особое внимание уделяется проблеме восстановления экосистем, подвергшихся значительной деградации в результате неблагоприятных антропогенных и природных воздействий. Такие экосистемы включают территории, подвергшиеся радиоактивному загрязнению, зоны экологического бедствия и зоны чрезвычайной экологической ситуации. Для таких территорий предусматриваются требования по их реабилитации, профилактике аварий и ликвидации последствий аварий и стихийных бедствий, воспроизводству природных ресурсов, оздоровлению окружающей среды.

Экономический механизм природопользования и охраны окружающей среды предназначен для создания экономической заинтересованности предприятий, учреждений, организаций и граждан в соблюдении экологических требований и нормативов. Экономический механизм включает порядок планирования мероприятий в области природопользования и охраны окружающей среды, установления и взимания платежей за пользование природными объектами, в том числе загрязнение окружающей среды, использование льготного кредитования, финансирования из государственного бюджета мер по охране природных объектов, экологическое страхование и экологический аудит.

Наиболее важное практическое значение в системе экономических мер охраны окружающей среды и регулирования природопользования имеет платность природопользования. По общему принципу специальное природопользование в Российской Федерации является платным. За пользование каждым видом природного объекта установлена собственная система платежей. Так, водопользователи платят водный налог, пользователи лесным фондом вносят плату за пользование лесным фондом в случае долгосрочного пользования, либо лесные подати в случае краткосрочного. Арендная плата взимается собственником с арендатора земельного участка. В соответствии с Налоговым кодексом РФ предусматривается введение экологического налога, который заменит действующую систему платежей за загрязнение. В соответствии с Законом «Об охране окружающей среды» внесение платежей за загрязнение не освобождает природопользователей от выполнения мероприятий по охране окружающей среды, а также уплаты штрафных санкций за экологические правонарушения и от полного возмещения вреда, причиненного загрязнением окружающей среды здоровью и имуществу граждан и организаций. Платежи за природопользование поступают в государственный бюджет и распределяются в установленном законом процентном соотношении между федеральным и субъектными бюджетами.

Планирование представляет собой деятельность по разработке и принятию планов и программ природоохранных мероприятий и планов природопользования. Планирование может осуществляться всеми заинтересованными субъектами по собственной инициативе, но одновременно является функцией государственных органов. Водным кодексом РФ установлен порядок принятия государственных программ по использованию, восстановлению и охране водных объектов. В развитие этих положений в 1996 г. принята федеральная целевая программа «Внутренние водные пути России», рассчитанная на 1996—2000 гг.

Экологическое страхование — это мера финансовой защиты от возможных экологических последствий производственных аварий, производственной и иной деятельности, которая заключается в возмещении убытков специально создаваемой для этих целей организацией пострадавшего лица, регулярно уплачивавшего ей денежные взносы. Предусматривается порядок обязательного и добровольного экологического страхования. В соответствии с Законом РФ «Об использовании атомной энергии», работники ядерных установок, радиационных источников и пунктов хранения, командированные на указанные объекты, а также граждане, проживающие, осуществляющие трудовую деятельность или проходящие военную службу в пределах зоны наблюдения ядерных установок радиационных источников и пунктов хранения, подлежат обязательному бесплатному страхованию личности от риска радиационного воздействия за счет собственников или владельцев (пользователей) объектов использования атомной энергии. Во всех других случаях экологическое страхование носит добровольный характер.

Правовой механизм заповедной охраны природы нацелен на охрану особой категории территорий, природных объектов и комплексов, которые представляют исключительную экологическую, научную, культурную или эстетическую ценность. В интересах их сохранения в своем первозданном, нетронутом человеческой деятельностью виде. Законом «Об особо охраняемых территориях (N 33-ФЗ от 14 марта 1995 г., в ред.  N 250-ФЗот 03.12.2008 г.) предусматривается изъятие таких территорий, природных объектов и комплексов частично или полностью из хозяйственного использования и передача их под особую охрану государства. Им придается статус государственных заповедников, национальных и природных парков, заказников, памятников природы, дендрологических и ботанических садов, рекреационных зон, курортов и других охраняемых территорий.

Редкие и исчезающие виды животных и растений заносятся в Красную книгу Российской Федерации или красные книги субъектов Российской Федерации. Охота, рыболовство и иные формы изъятия животных и растений, занесенных в Красную книгу РФ и красные книги субъектов РФ, допускаются только в некоммерческих целях и по специальным государственным разрешениям. Часть особо охраняемых территорий и объектов в соответствии с Законом «Об охране окружающей природной среды» образует природно-заповедный фонд.

В границах особо охраняемых территорий в большинстве случаев запрещаются специальные виды природопользования — заготовка древесины, добыча полезных ископаемых, охота и рыболовство, строительство и эксплуатация промышленных предприятий. Строительство дорог, стоянок автомобилей, жилых и рекреационных строений допускается только при определенных условиях и в установленных местах в соответствии с экологическими требованиями. Природные объекты особо охраняемых территорий используются для научных и образовательных целей, организации отдыха населения, восстановления популяций животных, нарушенных природных объектов. Особо охраняемые территории могут быть федерального, регионального или местного значения и соответственно находятся в федеральной, субъектной либо муниципальной собственности. Они учреждаются решениями исполнительных органов власти Российской Федерации соответствующих субъектов Российской Федерации либо решениями местных органов самоуправления. Подавляющее большинство федеральных особо охраняемых территорий (заповедников и национальных парков) находится в ведении Министерства природных ресурсов РФ.

В целях защиты особо охраняемых природных территорий от неблагоприятных воздействий хозяйственной и иной деятельности на прилегающих землях либо акваториях могут создаваться решениями субъектов РФ или местными органами самоуправления охранные зоны с ограниченным режимом природопользования.