После разрушения СССР и кардинального изменения геополитического и экономического положения России региональная экономика стала выступать в качестве основного объекта территориально-экономических исследований, имея свои особые интересы и факторы развития. Смена форм государственного управления привела к пересмотру целей исследований. Вместо предплановых материалов, ориентированных на обширную систему показателей, стали разрабатываться рассчитанные на условия рынка вариантные прогнозы социально-экономического поведения регионов при различных макроэкономических сценариях развития страны. Причем, ориентация на директивные установки поменялась на первостепенный учет экономических интересов субъектов хозяйствования и регионов. Важное значение получил новый для региональной экономики финансовый аспект территориального развития.

Среди регионально-экономических исследований, выполненных в последние годы СОПСом и другими научными организациями территориального профиля, особую актуальность имели: разработка стратегии территориального развития России и регионального аспекта экономической реформы; комплексный прогноз развития и размещения производительных сил Российской Федерации до 2000 г.; комплексные схемы экономического и социального развития и финансового состояния регионов, входящих в межрегиональные ассоциации; ряд долгосрочных региональных программ федерального значения (по районам Крайнего Севера, Дальнему Востоку и Забайкалью, Сибири, ряду районов — субъектов Федерации); исследования, направленные на формирование механизма регулирования территориального развития России (их результаты учтены в региональных разделах правительственных программ развития экономических реформ); работы по мониторингу законодательства Российской Федерации в региональной экономике; предложения по введению в России административно-территориального деления федерального уровня; исследования в области экономических отношений России и ее регионов со странами СНГ и Балтии.

Научные организации активно участвовали в международном сотрудничестве ученых регионалистов, в подготовке ряда межгосударственных проектов [2].

В связи с необходимостью решения возникших на этом этапе сложных проблем и принципиального изменения методологии анализа и прогнозирования регионального развития подготавливалась система новых методических материалов.

Многие ученые-регионалисты еще на заре российских реформ активно отстаивали концепцию тесного сочетания рыночных регуляторов с плановыми началами регионального развития экономики, рассматривая план и рынок как два выдающихся результативных достижения мировой цивилизации