Данная статья посвящена анализу особенностей системы подготовки научных кадров в России и Германии, проведены исследования развития институтов системы подготовки научных кадров. Рассмотрены особенности влияния Болонского соглашения на развитие системы подготовки научных кадров в России и Германии, сформулированы основные проблемы в данной отрасли. Приведены отдельные статистические данные, определяющие динамику и состояния системы подготовки научных кадров в России и Германии.